biologiczny ENIAC: u progu technologicznego przełomu
Data: 19 wrzesień 2007
Identyfikator: 070129
Gdy w latach czterdziestych powstawał komputer ENIAC, mało kto zdawał
sobie sprawę, jaką wywoła to rewolucję. Także konstruowane w probówce
maszyny oparte na DNA znajdują obecnie szereg entuzjastów i tyluż
sceptyków wątpiących w ich praktyczne zastosowanie.
Strona 1 z 2
|
DNA – materiał do budowy maszyn
|
Kwas dezoksyrybonukleinowy (DNA)
to cząsteczka złożona z czterech aminokwasów (zwanych dezoksyrybonukleotydami) – adeniny, guaniny, cytozyny i tyminy – oznaczanych zazwyczaj na schematach pierwszymi literami: A, G, C oraz T. Podwójna helisa DNA została odkryta przez dwóch naukowców: Jamesa Watsona i Francisa Cricka w 1953 r. Pionierem nanotechnologii wykorzystującej DNA był Leonard Adelman z Uniwersytetu Kalifornii. W 1994 r. jako pierwszy rozwiązał problem komiwojażera, zwanego także problemem dróg Hamiltona.
W 2001 r. profesor Ehud Shapiro opublikował w prestiżowym magazynie „Nature”
wyniki badań nad maszyną Turinga, przeprowadzanych w Instytucie Weizmanna w Izraelu. Maszyna ta jest automatem skończonym, a rolę tzw. sprzętu pełnią w niej dwa enzymy – restryktaza oraz ligaza. Enzymy restrykcyjne analizują podwójną nić DNA, rozpoznają szczególne sekwencje kodu i w rozpoznanym miejscu przecinają nić. Jeżeli nić zostanie przecięta na różnych wysokościach, wówczas tworzą się tzw. lepkie końce – jednoniciowe odcinki DNA, które następnie można łączyć. Rolę oprogramowania pełniło osiem dwuniciowych fragmentów DNA zawierających informacje o dozwolonych operacjach łączenia DNA. Maszyna zaczynała działać po wymieszaniu cząstek „sprzętu” i „oprogramowania”. W wyniku działania maszyny powstają fragmenty DNA zawierające wszystkie możliwe odpowiedzi. Wyłonienie poprawnej odpowiedzi, czyli właściwej nici DNA, uzyskuje się metodą elektroforezy. Programowanie odbywa się poprzez dobór oprogramowania, czyli nici odpowiadających za dozwolone operacje. Maszyna umożliwia stworzenie 765 różnych kombinacji tych nici, czyli 765 programów takich jak np. rozpoznanie, czy w ciągu wejściowym znajduje się liczba parzysta (lub nieparzysta).
W lutym 2003 r. Shapiro ulepszył swoją maszynę, dodając fragment DNA zawierający cząsteczki odpowiedzialne za dostarczenie energii do układu. Dotychczas konieczne było umieszczanie w probówkach dodatkowych cząstek ATP.
|
Idea stworzenia komputera na bazie mechanizmów biologicznych fascynowała ludzi od dziesięcioleci. Nic dziwnego, w końcu najdoskonalszy znany nam komputer to ludzki mózg zbudowany z białka. Po odkryciu zasad rządzących budową DNA pojawiły się pomysły na konstrukcję komputera wykorzystującą właśnie ten materiał.
Maszyna DNA
Samo pojęcie „komputer” stosowane w odniesieniu do tych rozwiązań jest mylące, dlatego będziemy używać terminu „maszyna DNA”. Takie właśnie określenie pojawia się też w wielu naukowych publikacjach podchodzących sceptycznie do tematu.
Pierwszym eksperymentem otwierającym drogę do opracowania maszyn opartych na DNA było użycie technik biologii molekularnej do rozwiązania problemu komiwojażera. Polega on na znalezieniu najkrótszej drogi, którą można przejść przez określone punkty (miejscowości), mając następujące dane: zestaw punktów pośrednich, punkt początkowy i punkt końcowy. Warunek jest taki, aby przez każdy punkt przechodziło się tylko
jeden raz. W eksperymencie przeprowadzonym na Uniwersytecie Kalifornii w 1994 r. każdemu z punktów (dla ułatwienia wykorzystano nazwy amerykańskich miast) przyporządkowano sekwencję DNA. W probówce uzyskano wszystkie dopuszczalne kombinacje kodu DNA odpowiadające różnym możliwym połączeniom od punktu początkowego do punktu końcowego. Następnie metodami analizy chemicznej wybrano rozwiązanie optymalne (najkrótsza długość łańcucha) i spełniające warunki zadania.
|
Pamięć na bazie DNA
|
|
Równolegle z pracami nad komputerem stworzonym na bazie DNA, trwają prace nad wykorzystaniem tego materiału w pamięciach. Prekursorami badań nad nową technologią są Jong-Shik Shin
i Niles Pierce z California Institute of Technology
w Pasadenie oraz Wendy Dittmer i Friedrich
Simmel z Uniwersytetu w Monachium. W rozwiązaniach wykorzystuje się selektywność w budowie DNA (zasady w łańcuchu DNA łączą się tylko z odpowiadającymi im parami) oraz odwracalność tego procesu. Naukowcy z Pasadeny skonstruowali bardzo prymitywną pamięć składającą się
z 3 bistabilnych elementów mogących zapisać
23 stanów. Każdy z fragmentów DNA składający się z 90 par zasad ma rozmiar 7 nm.
|
Automat skończony
Doświadczenie dowiodło, że za pomocą komputerów DNA można rozwiązywać problemy obliczeniowe i dało impuls do dalszych badań. W 2001 r. prof. Ehud Shapiro z Instytutu
Weizmanna w Izraelu, wraz z zespołem, skonstruował w probówce automat skończony, tzn. urządzenie, które na podstawie ciągu znaków wejściowych generuje odpowiedź „tak” lub „nie” i może odpowiedzieć np. na pytanie, czy w danym ciągu jest parzysta liczba jedynek.
W październiku ubiegłego roku pojawiła się kolejna już maszyna DNA (o nazwie MAYA-II), która skutecznie gra w kółko i krzyżyk. Składa się ona z fragmentów syntetyzowanego DNA, luźno pływających w roztworze. Naukowcy z uniwersytetu w Nowym Meksyku oraz z Wydziału Medycznego nowojorskiego Uniwersytetu Columbia wyprodukowali nić genetyczną, która potrafi odpowiadać na ruchy przeciwnika w taki sposób, aby maszyna nie przegrywała. Zarówno komunikacja między graczami, jak i proces obliczeniowy kończący się właściwą odpowiedzią przebiegają we wnętrzu probówek. Programowanie DNA polega na ustaleniu właściwej kombinacji zasad występujących w łańcuchu – adeniny, guaniny, cytozyny oraz tyminy. Aby łatwiej było śledzić ruchy, naukowcy podłączyli całe pole gry, czyli dziewięć szklanych naczyń, do komputera analizującego ich skład chemiczny.
Ocena: 



(aby ocenić, musisz się zalogować w serwisie)
Podobne artykuły: